可以办理。

你办营业执照跟房屋的产权证没有直接关系，你只要在办理营业执照时与相关工商部分、卫生部门等进行交涉即可在办证后在那进行经营。

进行经营并不需要农业产权转商业产权，如果你想要把产权进行转移按法律规定是要办理转让手续并交纳费用，但是我国法律还有规定对农村的宅基地依法不得买卖，根据我国《土地管理法》与《土地管理法实施条例》对农民的宅基地权利有着如下的明确规定：宅基地只能在本集体组织成员之内转让，城镇居民购买宅基地的行为无效。