根据我国《民法通则》、《城乡个体工商户管理暂行条例》及《城乡个体工商户管理暂行条例实施细则》的规定，营业执照及其副本不得转借、出租。你与黄某签订的《借用营业执照协议书》由于违反了国家法律的禁止性规定而无效，你将营业执照收回的做法是正确的。

根据《合同法》的规定，合同无效后，因该合同取得的财产，应当予以返还，有过错的一方应赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。在本案中，造成合同无效的结果，你与黄某双方均有过错，应当各自承担相应的责任。由于营业执照中登记的业主是你，所以，有关的行政费用应由你承担，你可以要求黄某赔偿你的部分损失。至于押金，你应该退还给黄某。

另外，如果你不再使用该营业执照经营的，应向工商部门申请注销。